Desa Aje Pagar Air sangat erat kaitannya dengan wilayah administrasi Mukim Pagar Air di Kecamatan Ingin Jaya, Kabupaten Aceh Besar, menunjukkan adanya ikatan historis yang kuat dengan sistem adat dan politik lokal di masa lampau. Secara harfiah, nama "Pagar Air" sering diinterpretasikan sebagai kondisi geografis di mana desa tersebut memiliki batasan atau tanggul yang berfungsi sebagai kendali terhadap aliran air, baik itu sungai, sistem irigasi, maupun perlindungan dari bencana banjir. Desa ini, seperti wilayah Aceh Besar lainnya, kemungkinan besar telah berdiri sejak masa Kesultanan Aceh Darussalam dan turut menjadi saksi sejarah perjuangan panjang melawan penjajah. Meskipun data rinci mengenai pendiri atau tahun pastinya memerlukan verifikasi dari dokumen resmi gampong, keberadaannya mencerminkan peran penting dalam struktur mukim di Aceh Besar.

Dalam sejarah modern, Desa Aje Pagar Air turut menghadapi tantangan signifikan pasca-bencana Tsunami dan gempa bumi Aceh pada tahun 2004. Peristiwa ini menjadi titik balik yang mempengaruhi tata ruang, pembangunan infrastruktur, dan komposisi penduduk desa. Sejak saat itu, pembangunan di desa ini difokuskan pada pemulihan, penataan kembali fasilitas publik, serta peningkatan kapasitas ketahanan bencana. Saat ini, Desa Aje Pagar Air berperan sebagai salah satu desa penyangga Kota Banda Aceh, dengan komitmen untuk membangun pemerintahan yang transparan dan partisipatif demi kemajuan dan kesejahteraan masyarakatnya.